该局机关设有办公室、综合业务处、人事处、财务部、机关党委办公室、监察审计处、认证监管处以及科技处等行政管理部门，还有卫生检疫局、动物检验检疫局、植物检验检疫局、食品检验监管局、工矿产品检验局以及鉴定管理处等共计十四大业务处室，直属单位包括检验检疫技术中心、国际旅行卫生保健中心、机关服务中心等，在山海关设有直属办事处，并设立一个临时机构即基建办公室，目前，该局共有干部职工约三百余人，其中专业技术人员占比较高，拥有博士和硕士学位的专业人才众多，大多数员工拥有大专以上学历，这些专业人员在各自的领域具备丰富的知识和经验，为秦皇岛出入境检验检疫工作提供了坚实的支持。
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