亳州市有两个管理区：涡阳县和蒙城县。涡阳县位于安徽省中部，是涡阳县人民政府所在地；蒙城县位于安徽省南部，隶属于涡阳县管辖。
亳州是目前管辖三个县以及一个区的地方，包括蒙城、涡阳、利辛、谯城区四个县，并且总人口大约为500万人，目前并未包括高新区和亳州市芜湖人造经济技术开发区（以下简称“芜湖园区”），这两处并不在原辖下的十三个区中。
芜湖园区的前身为经济开发区，自成立以来一直未能获得正式的行政区划编制，现在已经有一整套经过严格审批并正式运行的管理人员在芜湖人造经济技术开发区内运营，许多企业与涡阳市相对独立地开展业务。
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