《X战警3》是一部动作片，讲述了主角小丑和超人之间的友谊与挑战。电影以“正义联盟”为主题，加入了新角色并增加了新的冒险元素。
沃森顿公司研发出治疗变种基因的药物，使得变种人首次拥有自主选择命运的权利，要么放弃超能力，成为真正的人类；要么拒绝接受治疗，保留独特变种能力，隔离成异类。
这种选择不再是自由的，在军方科学家的离间下，人类对变种人的恐惧与憎恨达到前所未有的程度，导致“和平至上”X教授和身怀绝技的X特警们在丧失能力的威胁下无法抉择。
万磁王则认为这是最好的机会，通过吸收大量新鲜力量，组建庞大变种军队，计划摧毁沃森顿公司，并最终使人类臣服，这场前所未有的种族战争一触即发！
X战警们不得不面临来自人类、变种人甚至世界的多重挑战，包括内心挣扎、死里逃生后的疯狂分裂以及与万磁王的较量，他们必须做出艰难的选择，以应对这场生死存亡的战争。
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